但是，曾国藩在接到朝廷不断而来的谕旨后，还是没有听从朝廷的命令，而是向朝廷上了两道奏折推托。
但是，清廷当时除曾国藩外，根本没有其他的人可以任用，所以清廷根本不理会曾国藩的请求，只是表明理解他所说的种种理由，命曾国藩仍然遵守谕旨，马上带兵北上，以等候朝廷的调派。
经过多次协商之后，曾国藩才于同治四年五月二十五日在没有办法的情况下带领军队北上。可见曾国藩此次带兵是极不情愿的，然而更让他难受的是他的弟子李鸿章，明知自己根本不想再带兵打仗，却在得知朝廷要把两江总督的职务交给他的时候，忘了要注意谦虚拘让的礼节，迫不及待地来到了南京接曾国藩的印绶。
二、攻捻之败
1.竭力攻捻
曾国藩自同治四年奉旨北上剿捻，在怎样剿灭捻军的问题上，比起僧格林沁来，曾国藩确实要高明和深谋远虑得多。首先是表现在了解捻军这个方面，僧格林沁是个既骄横又狂妄的人，捻军既然属匪，他就觉得自己很有优势，过于轻敌，也就谈不上去对捻军的作战特点全面分析和仔细研究了。而曾国藩却和他完全不一样，他知道战争中最重要的就是知己知彼，正是因为他对捻军有这样的认识，他在剿捻问题上，依次划分了三个阶段，这就是重点设防、清查民圩、设置河防，把这三步控制在“以静制动”的战略思想指导之下。
关于重点设防，主要是考虑到捻军的特点是灵活机动，来去迅速。曾国藩认为，针对捻军机动迅速的奔突，如果和僧格林沁一样用兵，无异于让自己处于被动的位置，最后的下场和僧格林沁不会两样。因此，剿灭捻军的首要任务，不是要把自己处于被动地位，而是要变被动为主动，最好的办法就是在捻军活动的各重要城镇设置重兵，派兵严加防守，等待捻军的进攻，然后集中优势兵力把他们一一消灭。因此他决定在华北的四省十二府，也就是江苏的徐州、淮安，安徽的凤阳、海州、庐州、泗州，山东的衮州、曹州、沂州、济宁，河南的陈州、归德等地设置重兵，并且在那里建立营堡，聚集辎重，企图以点制面，一省的情况紧急，可以得到来自三省的援助，四省可以首尾相应，将士也不用再疲于奔命了。
当然，曾国藩的这一策略重点在于严加设防，这种严防死守并不是呆板而机械的。在严防的基础上，他又精选了拖住敌人的几千人的骑兵队伍。动静结合这一策略支撑着他整个的剿灭捻军的计划。至于清查民圩，目的是不想让捻军拥有广泛的群众基础。因为捻军采用的是游击作战的方式，绝对不可能携带过多的粮食辎重，每到一地，后勤保障都是靠当地百姓提供的。因此，曾国藩就想从此入手，严密组织各地居民，让捻军无法联系他们，使捻军的后勤失去了保障，目的就是要围死、饿死那些捻军。
曾国藩为了剿捻而实施的杀戮行为是非常残酷的，尤其是他为了断绝捻军和群众之间的联系，实行清查民圩的政策，为此杀害了很多无辜的百姓。
曾国藩在剿捻问题上采取的最重要的步骤便是河防。所谓河防，就是一方面在黄河设置水师，防止捻军从北面渡过黄河；一方面在运河西岸建筑堡垒、长墙，这样捻军就会被控制在黄河以南和运河以东一带。
2.攻捻失误
曾国藩采用河防之策，是因为他的重点防守的策略没有效果。因为重点防守，主动进攻的程度不够，虽避免了像僧格林沁那样处于被动地位，但同时又只能被动地静待捻军，因此，当时有很多人讥笑曾国藩的重点防守是因为要避免与捻军的正面作战。而事实上，曾国藩在日记中也多次反映了重点防守没什么效果。如同治五年三月十六日他在日记中这样写道：“闻后股任、赖等贼已入东境，过曹县，焦灼之至。”三月十九日记：“本日恐贼匪抢渡运河，寸心悬系，如负重疚，终日钦钦。”三月二十四日的日记中却又是这样写的：“闻贼匪全数南窜，吾所调刘、周诸军甫经到齐，未及接仗，而贼已他遁，深为可虑。”四月十八日记：“闻贼复窜曹县、定陶，在曹、单攻破民寨多处，甚为猖獗，忧灼之至！”五月初八的日记中是这样写的：“是日闻河南诸军四月二十八日在归德打仗败挫，宋庆、蒋希夷两军伤损尤多，为之焦愤，盖官兵挫一次，则贼焰长一次，势将燎原矣。”五月十三日的日记如下：“闻捻匪张、牛、任、赖两股集于徐州城外，各军熟视而无如之何，焦灼无已！”六月二十日他又这样写道：“流寇纵横，制敌无术，体衰目昏，学问无成，则又深为忧灼之境也。”
正是出于对这种状况的考虑，曾国藩在同治五年三月二十一日给朝廷写了一份奏折，名为《密陈重视捻匪博贮将才核实奏报力戒虚浮以正风气片》，一方面为自己的战场无功感到特别遗憾；一方面也预先要给朝廷提个醒，申述自己剿捻无功的一个重要原因是因为捻军真的有过人之处，可对于此点朝廷及地方许多官员根本没有认识到。
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