宝可梦自身会因为各种原因导致进化，借由个体突破某种枷锁，产生进化之光，然后沐浴进化之光，进化到更高一阶的种族。宝可梦进化之后，属于另外一个种族，自身的种族值会发生改变，向着更加强大的方向进化，但个体值以及努力值等不发生变化，特性一般而言不会改变，但有个别宝可梦进化之后特性会发生改变。
特性改变的原因一种是因为更高一阶的种族特性不包含原本特性，所以导致改变，一种是因为其他外在原因发生改变。
特性并非都是对宝可梦有正面效果的，某些特性会对宝可梦造成负面效果，还有一些则是在正面效果的基础上附带负面效果。
宝可梦的进化目前一直是研究对象，这种奇异的生物进化方式似乎和人类有某种联系。
现在已知的进化方式共有以下几种：
一阶段进化：幼体的宝可梦经过时间积累，能量达到一定数额，就可以自然进化，这类进化没有枷锁束缚，是幼体进化到成长体的正常经历，但有例外的幼体宝可梦，需要借助其他方式进化。
二阶段进化：由成长体的宝可梦进化到完全体的宝可梦，会产生大幅度的提升，这个进化需要大量的能量作为支撑，还需要自身达到某些要求，野生宝可梦一般都会停留在成长体。这个进化过程产生的进化之光据说对其他宝可梦也有意想不到的好处。
例如从小火龙→火恐龙→喷火龙，幼生体是小火龙，一阶段进化之后就是火恐龙，然后二阶段进化之后就是喷火龙。目前研究人员认为小火龙并不是喷火龙的幼生体，虽然小火龙是从蛋内孵化出来的，但所具备的能量标准对比其他幼生体过于超出，因此提出了幼生体进化这一假设，认为还有更加低阶段的宝可梦存在，目前无法验证。
超级进化：又称MAGE进化以及百万进化，出现于卡洛斯地区的新进化方式。超级进化更像是状态类的进化，属于暂时性进化，在对战中借由训练家和宝可梦之间利用超级石以及进化钥石共鸣，从来使完全体的宝可梦再一次进化。这类进化会给宝可梦带来巨幅的种族提升，同时特性和属性都会可能发生改变。超级进化需要宝可梦和训练师之间的牵绊很深才能达到。超级进化结束后，有些宝可梦会因此受到伤害，例如赫拉托克斯会因此全身疼痛。值得一提的是，超级进化所需要的进化钥石共有两种，因此，一些宝可梦会拥有两种超级进化的形态。
牵绊变身：这是属于某些宝可梦的特性，被认定是进化中的一环。这类进化借由宝可梦的特性【牵绊变身】进行进化，需要和训练师之间有着非常深厚的牵绊才能做到。进化后会改变自身的技能释放形态，某些技能也会超出常规状态。属于暂时性状态类进化，主要是对技能方面的增益。
极巨化进化：暂时性状态类进化，伽勒尔地区发现的新进化方式，借由极巨腕带和特殊能量地点使得宝可梦进化，这类进化会从宝可梦身上释放出特殊能量，扭曲周围的空间，导致宝可梦获得十分庞大的体型，但其本体并没有发生倍化效果，更像是一种扭曲空间后导致光线和视觉产生的差异。极巨化会改变宝可梦的HP以及HP上限，不影响种族值，在进化期间只能使用极巨化招式。比较奇特的是，这种扭曲空间导致视觉差下形成的庞大的体型依旧可以被正常触摸到，且极巨化适应基本上所有宝可梦，除个别例外，一些宝可梦拥有专属的极巨化形态，并非通常意义上的倍化，且这个状态下，几乎所有宝可梦都呈现暗红色，在其身高最高处，还会出现三朵灰红色的云朵，意义不明。
原始回归：暂时性状态类进化，目前已知为固拉多和盖欧卡存在这一类进化方式，借由红色宝珠和蓝色宝珠，两者会变成原始形态，这类进化更像是将它们退回到远古时期的状态。原始回归状态下，两者的种族值会发生巨幅的提升，同时，两者的特性优先级为第一级，并且会得到专属的高威力技能。
道具进化：某些宝可梦可以通过特殊的道具进行进化，例如基因不稳定的伊布可以通过各种石头或者环境产生进化，这类进化目前资料并不是很多，除了常规已知的外，几年来新增加的几乎没有，主要原因是因为道具和宝可梦之间只能慢慢摸索。
通信进化：借由两位训练师通过电脑终端进行互相交互从而产生的一种进化，这类进化的宝可梦并不是很多，特殊类还需要通过携带道具交互才能进化。
差异进化：体现在宝可梦种族之间的进化方式，比如性别差异、时间差异等，这类进化需要达到必须的要求，比如晚上几点或者必须是雌性（雄性）。
亲密度进化：需要训练师和宝可梦之间的亲密度达到一定高度才能进化，这类宝可梦和人类之间的关系都是相当亲密。
特定进化：宝可梦必须在特定条件下的进化方式，例如必须学会某些招式才能进化、必须在特定环境下进化、必须有其他宝可梦帮助下进化等，特定进化和差异进化之间的界限并不是很明确，两者经常重叠。例如伽勒尔地区的大葱鸭需要在对战中成功击中敌人三次及以次数的要害，战斗结束才能进化。
极致属性进化：华德尔地区新发现的进化方式，目前正在研究中，借由特殊的进化宝石将宝可梦的属性完全逆转，得到不可思议的力量以及招式，通常情况下，只能逆转其中一种属性，会得到相反的属性，在战斗过程中，可以更改成同一属性的其他的克制属性，进化宝石和进化之间的联系目前无法确定，需要和训练师达到一定的牵绊才可以做到。【这本小说的核心】
种类繁多的进化方式被大致分为等级进化方式、特殊进化方式以及战斗中状态类进化方式。
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