此时日军的3个师团，除南路的33师团，尚可沿公路进行补给外，中路、北路的两个师团，一直未有补给，随着英军援兵的到达，日军的攻势也随之减弱。
牟田口此时即令已得到补给的第33师团，加强进攻以夺取英帕尔，其结果不但未能攻占，而且伤亡很大。
柳田元三中将认为这样继续作战，很快将招致更大危险。
对此，牟田口在一怒之下，于5月9日发出请求撤销柳田元三中将第33师团长职务的电报。
随后，日军大本营任命了驻泰国的独立混成第29旅团长田中信男少将代理第33师团长。
大部队作战，如双方力量大致处于势均力敌、且相互在作战指挥上又具有很大的能动性，这样在极短的时间内，战局不会立即引起激变。加之此时英帕尔地区已处于雨季，双方的作战活动均受到限制。
由于第15军在英帕尔地区伤亡逐渐增大，南方军向日军大本营请求优先补充缅甸方面军的兵员。
随后，日军大本营下令将在1944年1月成立驻于朝鲜的竹原三郎之第49师团调至缅甸。
第15军在伤亡很大、病员不断增多的情况下，依然要33、15师团加紧对英帕尔的进攻，但难以打破英军的坚强防守。
牟田口则认为15师团连续进攻不利，是由于该师团长作战不力所致，于是又提出撤换该师团长山内正文中将的请求，日军大本营当即任命柴田卯一中将继任第15师团长。
15军进攻英帕尔约1个半月后，日军大本营对这次作战的不利状况已很担忧，东条英机在向裕仁天皇面奏战况时，陈述了该作战的严重情况，并确定当天即派参谋次长秦彦三郎中将前往视察。
秦彦三郎当即率总务课长及两名参谋离开东京，先是飞抵新加坡，向南方军总参谋长饭村穰中将等了解情况后，即至仰光和眉苗，听取了河边正三及牟田口对这一作战的看法，以后又至苏门答腊岛和爪哇岛，5月14日返回东京。
之后，秦彦三郎在参谋本部的作战室，汇报了南方军当前作战的情况。
他认为英帕尔的作战形势不妙，参加听取秦彦三郎这一报告的还有参谋本部各部长、课长以及陆军省和兵站总监部的首脑。
东条在听完汇报后讲话时强调：战至最后，绝不胆怯。
根据这一决定，日军大本营即对南方军发出电报指示，要求加紧对英帕尔的进攻，并决定调驻苏门答腊马场正郎中将第4师团之步兵第61联队，增强第15军。
另外，为解救密**方面第18师团的危境，决定调驻云南龙陵松山祐三中将的第56师团3个步兵大队至第18师团驻地。
然而此时的盟军也开始了行动，英军第3军以火车运输到达迪马普尔之后，即开始围攻以南的科西马日军第31师团。
该师团从3月底至5月底在这一带连续作战，损耗相当大，部队普遍缺粮，伤员缺乏医药，不少人染患疟疾。其时，英军的坦克和炮兵部队，在空军的掩护下，陆续到达战场，战斗力更加增强。
而日军的3个师团，已到了势尽力衰的程度，因有大本营继续加强在该地区作战的指示，牟田口廉也亦不敢再报告真实情况。
日军第31师团长佐藤幸德，迭次向牟田口要求补充弹药，但得到的回答是：继续死守科西马，牵制北路的英军主力，以便军集中力量攻占英帕尔。
由于第31师团所急需的弹药未得到补充，此刻该师团能参加作战的仅有500人，佐藤幸德一气之下，独自决定从科西马撤退。
当牟田口廉得知这一情况后，即派参谋长久野村桃代，去传达他禁止撤退立即返回科西马的命令。
然而佐藤怒气未消，指责牟田口在指挥上不重视情报，是一个无能的将军等等，然后即率领着他的残部，向东南的乌克鲁尔退回。
英军西拉姆中将一直率领着他的军团，在英帕尔平原抗击着日军长时间的地面进攻和空中轰炸。当日军从科西马撤退后，英军第3军即沿公路南下，攻向英帕尔。
此刻日军在该地的两个师团之残部，受到包围，发生了混乱，大部沿公路南撤。
一部逃向东部的原始林中，然后三三五五的摸向亲敦江，途中因饥饿、疾病、劳累，加上连绵大雨而迷失了方向，不少人在密林中死去，有些武器难以携带而自行破坏或投入水中或弃之山林。
日军第15军进攻英帕尔时，总数约为10万人，当退回至亲敦江以东地区时，仅剩3万人，使22万人的缅甸方面军减少了三分之一。
而独自决定撤退的佐藤幸德，于7月5日被撤职。参加一次作战的3个师团长全被撤职，这在日军的作战史上是罕见的。
而被日本兵骂之为“英帕尔之鬼”的牟田口廉也，与缅甸方面军司令官河边正三于8月30日也被撤职，回国担任参谋本部付。
在战场上抗命的佐藤幸德，按日军的惯例，应受到起诉和军法审判，但有不少人为他鸣不平。
他于7月底到达仰光时向河边正三表示，他是违抗了命令，并独自决定撤退，且愿意等候军法审判。
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