十六日，石达开率领十万大军占据了横梁、香溪一带。周凤山听说了太平军全面进攻的消息，便想命令各营军马同心协力迎击。十七日辰刻，命令水师分路迎击。行过樟树镇时，见到三千多名太平军由狗颈堤进入香溪。西路各营军马奋力拼杀，杀死一百多名太平军，夺获了多件器械、旗帜。堤上、河边仍有两路太平军，彭玉麟命令水师击退了他们，杀死多名太平军。清兵陆军进逼香溪时，突然与太平军的大队人马遭遇。香溪地势宽敞，东有山坡，太平军分四队占据在那里。都司滕国献、周歧山带领士兵从右面冲击过来，打败了太平军。清军正在追杀，从山的左边突然窜出一股太平军。因为守备岳炳荣、千总黄玉芳等不能与之抵抗，滕国献等便率领右路的军队回到队里，极力堵截太平军。不料大股的太平军从后面蜂拥而来，双方相持了很长时间，伤亡很多。
十八日，樟树镇被石达开率领的太平军包围，周凤山把部队分为几股，从不同方向抵御太平军的进攻，但因太平军有着强大的兵力，湘军很快便被分割为几部分，首尾不能相顾，短短时间内，死伤达上千人之多。周凤山一看形势不好，便领着溃兵一路撤退到了南昌城里。
周凤山樟树镇大败，南昌城顿时失去了屏障，太平军长驱直入，南昌城迅速被五万人马团团围住。
曾国藩于樟树镇败后也离开南康，奔赴南昌，与当时的江西巡抚文巡一起商讨如何做好南昌城的防卫工作。
当时的南昌城形势非常危急，城内只有五千多名士兵把守，而围兵却有五万人之多。因此，南昌城内人心惶惶，奔走逃跑的人乱作一团，甚至有人被践踏致死。曾国藩一面指挥城内军队死守，一面派人快马加鞭，命令调遣鲍超、李元度火速来南昌救援。连日来，太平军不断发射火箭、炮子攻击南昌城，又四处挖地洞，绑云梯，凌厉的攻势锐不可当。李元度、鲍超的陆勇和李孟群的水师被堵在包围圈外，根本无法增援南昌城。曾国藩登上城楼，看城外旌旗飘扬的太平军队伍人山人海，真是感到胆战心惊。然而，就在他抵御了几天已经感到绝望时，一天早晨一觉醒来，手下人带来了一个令人振奋的消息：围攻南昌的太平军已经撤退了，原有的五万名太平军竟一个不剩！原来，太平军围攻南昌时，南京遭到了向荣率领的江南大营的攻击，洪秀全为求稳妥，就命石达开回护南京，于是，南昌的形势才有所好转。
樟树镇大败，与曾国藩关系重大，因为当时是曾国藩命令周凤山对樟树镇严加把守，以阻止石达开。但是曾国藩不敢承担责任，于是他将这次失误的责任推给了周凤山。
曾国藩从南昌死里逃生后，因为太平军的军事力量越来越强大，他在江西根本没有立下任何战功，因此对于朝廷的指责和各方的压力，他无话可说。
二、丧失至亲
1.为父戴孝
在曾国藩一生中，给予他最深刻教训的，是咸丰七年二月至咸丰八年五月的这一段时间。这段日子，奔父丧在家的曾国藩似乎已经被朝廷彻底遗忘了；他一手建立起来的湘军却被别人领导着；他手下湘军将领的官位也都越做越大，银子越赚越多……而此时的曾国藩，朝廷给他的头衔却依然是在籍侍郎。
咸丰七年二月，曾国藩听到父亲曾竹亭已撒手西去的消息，便回到家里为父奔丧，在此之后，他在家里待了将近两年的时间。直到咸丰八年六月，他才重新受到朝廷的起用，统领分散在各地的各路湘军的散兵游勇。然而，正当曾国藩胸怀重振事业的远大理想，怀着对朝廷感恩戴德的心情重返战场时，等待他的却是全军覆没的灭顶之灾，即三河之败。
2.胞弟殉难
咸丰八年八月，太平军在李秀成、陈玉成的率领下对江北大营进行了集中攻击，因此，此举势必削弱了安徽各地的太平军力量。当时曾国藩的方略是把攻下安庆当做首要目标，然后向南京挺进。李续宾、曾国华率领六千精锐湘军前往安庆，这支一直被誉为所向无敌、一直立于不败之地的军队在八月间也确实立下了不少战功，在太平军集中兵力于江北大营的时候，它趁机接连攻下了太湖、潜山、桐城、舒城等县，这些地方都在庐州附近。庐州是清政府在安徽的临时省垣，咸丰八年六月太平军曾攻下此地，朝廷几次下令当时的安徽巡抚将庐州夺回，但却一直都没有成功。因此，这时李续宾、曾国华就只能选择两种方案：一是按既定方针，到安庆会合所有湘军；一是乘势攻下庐州，从而了却朝廷的一桩心愿，以邀功请赏。但若攻打庐州，势必应该在短时间内完成，因为李秀成、陈玉成所率的十几万太平军就驻扎在庐州附近，如果他们二人带兵回来增援，不过三五日的路程。因此，这一仗打得还是非常冒险的。但李续宾、曾国华两人此刻却顾不得那么多了。
咸丰八年十月，李续宾、曾国华率军来到金牛镇，此地就在三河镇外。三河镇是太平天国的一个粮草基地，对太平军有着极为重要的意义，它的前面是界河、马栅河，后面是巢湖，金牛岭居左，白石山居右，三河镇与外界的联系仅有一条大道，因此，它的地形貌似一个酒葫芦。此种地势在军事上易于把守，却难以攻克。为了保险起见，太平军还筑了九个坚固的堡垒在镇外防守。
从金牛镇到三河镇只有不到四十里地的距离，因此，李续宾、曾国华率队在短时间内便赶到了三河镇外，经过几天的战斗，将太平军的九个堡垒全数攻破。正当三河镇眼看就要被湘军拿下时，局势却突然发生了变化，李秀成、陈玉成亲率十二万太平军赶到三河镇增援那里的太平军，将湘军团团包围。自半夜至第二天中午，仅用半天时间，太平军便在三河镇消灭了将近六千多湘军，连李续宾、曾国华也都身死沙场。
咸丰帝对曾国华之死给予极高的褒奖。然而，有意思的是，关于曾国华之死的说法不一，还有人认为曾国华并非死于三河之战中，而是于战后一个月趁着夜深偷偷回到了曾国藩那里。此事真是把曾国藩难倒了，因为咸丰帝已赐予“一门忠义”的匾额给曾家，对曾家给予了很高的褒奖，若此时咸丰帝知道曾国华尚在人世，那可就犯了欺君犯上的大罪了。因此曾国藩经过一番深思熟虑，决定向世人隐瞒曾国华还活着的事实，而把曾国华送去一所道观让他做了道士。
三河镇之败是湘军组建以来遭到的最惨重的一次失败，靖港、九江之败虽然惨重，但还没有严重到在一场战争中死亡六千多名士兵。好在此次战役曾国藩只是遥控，并未到前线亲自指挥，否则，后果就不堪设想了。
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